中心由学术委员会、三个研究室、一个实验室和《工程研究》编辑部构成。
中心设中心主任一名、副主任两名。中心主任负责战略规划与全面发展；两名副主任分别负责教育教学、人才培训、科学研究、对外合作、行政后勤等事务。聘请王大洲、詹伟任副主任。
学术委员会负责制定学术发展战略，进行学术评议与审核，发扬民主，维护学术道德，以促进学术创新和人才培养。聘请中国工程院殷瑞钰院士任学术委员会主任，中国工程院傅志寰院士、国科大李伯聪教授任学术委员会副主任。
